Chiesa di Santa Margherita in Trastevere, Renaissance sognekirke i Trastevere, Rom, Italien.

Kirken Santa Margherita in Trastevere ligger ved piazza di Sant'Apollonia i Roms bydel Trastevere. Facaden har to ordener og krones af et kors med palmegrene; på fronten står den dobbelte dedikation til sankt Margareta, jomfru og martyr, og sankt Emygdius, biskop og martyr. Indenfor åbner et enkelt skib med tøndehvælv og halvrund apsis mod tre sidekapeller.

Kirken blev bestilt i 1680 af kardinal Girolamo Gastaldi og genopbygget af arkitekten Carlo Fontana, hvilket ændrede den oprindelige orientering, der gik tilbage til 1288. Denne forandring afspejlede fornyelsesbevægelserne i barokperioden, som omformede mange bygninger i hele Rom.

Højalterets altertavle er Giacinto Brandis «Sankt Margareta besejrer dæmonen», malet 1680–1683 til den genopbyggede kirke; de ovale sidebilleder er af Giuseppe Ghezzi. I det venstre kapel hænger Baciccios «Den ubesmittede undfangelse mellem sankt Frans og sankta Klara». Facaden bærer en dobbelt dedikation, til sankt Margareta og til sankt Emygdius, biskop og martyr.

Kirken ligger på piazza di Sant'Apollonia 13 i Trastevere, få skridt fra viale di Trastevere. Det tilstødende kloster er omdannet til boliger, så kirkens indgang er den eneste adgang. Indtil 1996 holdt Confraternita di Sant'Emidio til her; siden 2. februar 1997 har en præst fra Roms vikariat ansvaret for kirken.

Kirken bar også navnene Santa Margherita della Scala og Santa Elisabetta; nonnerne levede der som bizzoche uden klausurvot, hvilket akterne fra en visitation i Rom under Alexander VII bekræfter. Facaden bærer en dobbelt dedikation, til sankt Margareta og til sankt Emygdius, biskop og martyr.